I båtbiljetten ingår även inträde till Charles Bridge Museum, vilket ligger precis vid entrén till båtarna. På museet finns tavlor, statyer och föremål från Prags svunna tider. Tavlorna vittnar om hur Karlsbron, och området precis utanför museet, såg ut under medeltiden, renässansen och romantiken. Det finns även ett rum tillägnat den religiösa riddarordern med det långa namnet “The Knights of the Cross with the Red Star”, där man kan beskåda deras klädnader och andra föremål från ordern.
Det allra häftigaste rummet på Karlsbrons museum hittar man om man tar andra dörren till höger, och sedan går nerför en liten spiraltrappa. Där nere finns resterna av den gamla bron Judith Bridge som var föregångaren till Karlsbron. Judith Bridge byggdes under 1100-talet, men förstördes i en översvämning år 1342.